- Απ'ευθείας στον Διοικητή υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα και Γραφεία.
1.Τμήμα Ελέγχου Ποιότητος
2.Τμήμα Έρευνας & Συνεχιζόμενης Εκπαίδευσης.
3.Γραφείο Νομικών Υποθέσεων
4.Γραφείο Δημοσίων Σχέσεων-Επικοινωνίας με τον πολίτη
5.Γραφείο Υποδοχής Ασθενών.

- Η οργανωτική δομή του ΠΓΝΑ διακρίνεται σε πέντε (5) Διευθύνσεις.
1.Διεύθυνση Ιατρικής Υπηρεσίας
2.Διεύθυνση Νοσηλευτικής Υπηρεσίας
3.Διεύθυνση Διοικητικής Υπηρεσίας
4.Διεύθυνση Τεχνικών & Ξενοδοχειακών Υπηρεσιών
5. Διεύθυνση Πληροφορική Υπηρεσίας